Le premier défi consiste à assurer la sécurité alimentaire et la nutrition pour tous, sachant que la population mondiale devrait atteindre près de 10 milliards de personnes d'ici 2050, ce qui signifie que nous devons produire 60 % de nourriture en plus qu'aujourd'hui.
Le deuxième défi est d'y parvenir tout en garantissant la durabilité environnementale, c'est-à-dire en s'assurant que les impacts des activités des systèmes alimentaires sur le milieu naturel environnant sont neutres ou positifs, surtout si l'on considère que les systèmes alimentaires sont responsables de 21 à 37 % des émissions mondiales de gaz à effet de serre.
La troisième est de fournir des moyens de subsistance aux agriculteurs et de promouvoir le développement rural. Un système alimentaire est considéré comme durable lorsqu'il y a équité dans la distribution de la valeur ajoutée économique, en tenant compte des groupes vulnérables classés par sexe, âge, race, etc. Il est fondamental que les activités du système alimentaire contribuent à l'amélioration des résultats socioculturels pertinents, tels que la nutrition et la santé, les traditions, les conditions de travail et le bien-être des animaux.